###################################################################### ########################################################################## ### ### ### Tinker --- Software Tools for Molecular Design ### ## ## ## Version 8.10.5 February 2023 ## ## ## ## Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2023 ## ### All Rights Reserved ### ### ### ########################################################################## ###################################################################### ###################################################################### ########################################################################## ### ### ### Tinker --- Software Tools for Molecular Design ### ## ## ## Version 8.10.5 February 2023 ## ## ## ## Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2023 ## ### All Rights Reserved ### ### ### ########################################################################## ###################################################################### Interactions and Sites : Atomic Sites 642 Bond Stretches 652 Angle Bends 1183 Stretch-Bends 1044 Out-of-Plane Bends 375 Torsional Angles 1747 Stretch-Torsions 1116 Van der Waals Sites 642 Atomic Partial Charges 9 Bond Dipole Moments 311 Atom Definition Parameters : Atom Symbol Type Class Atomic Mass Valence Description 252 H 23 23 1 1.008 1 Guanidinium 253 H 23 23 1 1.008 1 Guanidinium 254 N 8 8 7 14.003 3 Amide 255 C 1 1 6 12.000 4 Alkane (Csp3) Bond Stretching Parameters : Atom Numbers KS Bond 241 232 254 6.700 1.3310 257 242 252 6.770 1.0280 258 242 253 6.770 1.0280 259 254 255 5.210 1.4460 260 254 258 6.770 1.0280 261 255 256 4.800 1.5090 262 255 259 4.740 1.1120 263 255 260 4.490 1.5247 Angle Bending Parameters : Atom Numbers KB Angle Fold Type 429 231 232 254 0.570 114.400 In-Plane 430 233 232 254 1.070 124.800 In-Plane 458 240 242 252 0.580 120.500 In-Plane 459 240 242 253 0.580 120.500 In-Plane 460 252 242 253 0.410 123.000 In-Plane 461 232 254 255 1.620 121.100 In-Plane 462 232 254 258 0.580 118.500 In-Plane 463 255 254 258 0.190 122.400 In-Plane 464 254 255 256 0.850 110.600 465 254 255 259 0.760 111.000 466 254 255 260 0.750 111.300 467 256 255 259 0.540 109.490 468 256 255 260 0.800 110.600 469 259 255 260 0.590 109.800 470 255 256 257 0.850 123.500 In-Plane 471 255 256 273 0.570 114.400 In-Plane 473 255 260 261 0.670 111.000 474 255 260 264 0.590 109.310 475 255 260 265 0.590 109.310 Stretch-Bend Parameters : Atom Numbers KSB 1 KSB 2 Angle Bond 1 Bond 2 380 231 232 254 0.130 0.130 114.400 1.5090 1.3310 381 233 232 254 0.130 0.130 124.800 1.2330 1.3310 405 240 242 252 0.030 0.030 120.500 1.3250 1.0280 406 240 242 253 0.030 0.030 120.500 1.3250 1.0280 407 232 254 255 0.050 0.050 121.100 1.3310 1.4460 408 232 254 258 0.030 0.030 118.500 1.3310 1.0280 409 255 254 258 0.030 0.030 122.400 1.4460 1.0280 410 254 255 256 0.130 0.130 110.600 1.4460 1.5090 411 254 255 259 0.080 0.080 111.000 1.4460 1.1120 412 254 255 260 0.130 0.130 111.300 1.4460 1.5247 413 256 255 259 0.080 0.080 109.490 1.5090 1.1120 414 256 255 260 0.130 0.130 110.600 1.5090 1.5247 415 259 255 260 0.080 0.080 109.800 1.1120 1.5247 416 255 256 257 0.130 0.130 123.500 1.5090 1.2330 417 255 256 273 0.130 0.130 114.400 1.5090 1.3310 419 255 260 261 0.130 0.130 111.000 1.5247 1.5247 420 255 260 264 0.080 0.080 109.310 1.5247 1.1120 421 255 260 265 0.080 0.080 109.310 1.5247 1.1120 Out-of-Plane Bend Parameters : Atom Numbers KOPB 139 254 232 231 233 1.500 140 233 232 231 254 0.650 141 231 232 233 254 0.590 151 253 242 240 252 0.020 152 252 242 240 253 0.020 153 240 242 252 253 0.050 154 258 254 232 255 0.020 155 255 254 232 258 0.010 156 232 254 255 258 0.050 157 273 256 255 257 1.500 158 257 256 255 273 0.650 159 255 256 257 273 0.590 Torsional Angle Parameters : Atom Numbers Amplitude, Phase and Periodicity 626 230 231 232 254 -0.700 0/1 0.700 180/2 0.200 0/3 628 235 231 232 254 0.230 0/3 630 236 231 232 254 0.700 0/1 -1.100 180/2 0.300 0/3 640 231 232 254 255 1.100 0/1 6.270 180/2 641 231 232 254 258 6.270 180/2 642 233 232 254 255 -0.600 0/1 6.930 180/2 643 233 232 254 258 1.000 0/1 6.765 180/2 676 239 240 242 252 4.500 180/2 677 239 240 242 253 4.500 180/2 678 241 240 242 252 4.500 180/2 679 241 240 242 253 4.500 180/2 680 232 254 255 256 2.300 0/1 -1.200 180/2 0.800 0/3 681 232 254 255 259 0.010 0/3 682 232 254 255 260 -0.300 0/1 0.300 0/3 683 258 254 255 256 0.300 0/3 684 258 254 255 259 0.080 0/3 685 258 254 255 260 0.010 0/3 686 254 255 256 257 0.100 0/1 0.700 180/2 2.100 0/3 687 254 255 256 273 -0.700 0/1 0.700 180/2 0.200 0/3 688 259 255 256 257 -0.154 0/1 0.044 180/2 -0.086 0/3 689 259 255 256 273 0.230 0/3 690 260 255 256 257 -0.457 0/1 1.106 180/2 -0.160 0/3 691 260 255 256 273 0.700 0/1 -1.100 180/2 0.300 0/3 692 254 255 260 261 0.400 0/3 693 254 255 260 264 0.400 0/3 694 254 255 260 265 0.400 0/3 695 256 255 260 261 0.400 180/2 0.010 0/3 696 256 255 260 264 0.180 0/3 697 256 255 260 265 0.180 0/3 698 259 255 260 261 0.280 0/3 699 259 255 260 264 0.238 0/3 700 259 255 260 265 0.238 0/3 701 255 256 273 274 1.100 0/1 6.270 180/2 702 255 256 273 280 1.100 0/1 6.270 180/2 705 255 260 261 262 0.185 0/1 0.170 180/2 0.520 0/3 706 255 260 261 263 0.185 0/1 0.170 180/2 0.520 0/3 707 255 260 261 266 0.280 0/3 Stretch-Torsion Parameters : Atom Numbers Bond Amplitude and Phase (1-3 Fold) 395 230 231 232 254 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 397 235 231 232 254 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 399 236 231 232 254 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 427 254 255 256 257 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 428 254 255 256 273 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 429 259 255 256 257 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 430 259 255 256 273 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 431 260 255 256 257 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 432 260 255 256 273 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.100 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 433 254 255 260 261 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 434 254 255 260 264 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 435 254 255 260 265 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 436 256 255 260 261 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 437 256 255 260 264 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 438 256 255 260 265 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 439 259 255 260 261 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 440 259 255 260 264 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 441 259 255 260 265 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 442 255 260 261 262 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 443 255 260 261 263 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 444 255 260 261 266 1st 0.000 0 0.000 180 0.000 0 2nd 0.000 0 0.000 180 0.059 0 3rd 0.000 0 0.000 180 0.000 0 Van der Waals Parameters : Atom Number Size Epsilon Size 1-4 Eps 1-4 Reduction 1 252 1.6000 0.0150 0.9230 2 253 1.6000 0.0150 0.9230 3 254 1.9300 0.0430 4 255 2.0400 0.0270 Bond Dipole Moment Parameters : Atom Numbers Dipole Position 123 232 254 -0.7200 0.500 131 242 252 -1.5800 0.500 132 242 253 -1.5800 0.500 133 255 254 1.6500 0.500 134 254 258 -1.5800 0.500 135 255 256 1.0100 0.500 Total Potential Energy : 462.1803 Kcal/mole Energy Component Breakdown : Kcal/mole Interactions Bond Stretching 114.6345 652 Angle Bending 143.3128 1183 Stretch-Bend -6.6196 1044 Out-of-Plane Bend 2.7302 375 Torsional Angle 160.1355 1747 Stretch-Torsion -2.6381 1116 Van der Waals 222.7280 203626 Charge-Charge -48.0258 33 Charge-Dipole -29.5684 2758 Dipole-Dipole -94.5087 47824 ###################################################################### ########################################################################## ### ### ### Tinker --- Software Tools for Molecular Design ### ## ## ## Version 8.10.5 February 2023 ## ## ## ## Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2023 ## ### All Rights Reserved ### ### ### ########################################################################## ###################################################################### Convex Surface Area for Individual Atoms : 1 0.040 2 0.000 3 0.000 4 0.000 5 4.675 6 0.000 7 2.819 8 4.440 9 0.000 10 4.552 11 0.024 12 0.000 13 0.342 14 0.242 15 6.259 16 0.000 17 0.000 18 0.000 19 0.000 20 0.990 21 1.072 22 0.000 23 0.000 24 1.548 25 0.000 26 0.000 27 1.084 28 0.000 29 0.297 30 0.000 31 0.000 32 0.000 33 0.000 34 0.000 35 0.000 36 0.000 37 0.000 38 0.000 39 0.000 40 0.000 41 0.000 42 0.000 43 0.000 44 0.000 45 0.000 46 0.000 47 0.000 48 0.000 49 0.000 50 0.000 51 0.000 52 0.000 53 0.000 54 5.797 55 0.000 56 0.129 57 0.134 58 0.000 59 1.270 60 5.837 61 2.164 62 0.872 63 0.000 64 0.000 65 0.000 66 0.000 67 0.000 68 0.000 69 0.000 70 0.953 71 0.131 72 0.000 73 4.777 74 4.975 75 5.013 76 0.000 77 0.000 78 0.000 79 0.000 80 0.812 81 0.000 82 0.000 83 0.000 84 0.333 85 0.731 86 1.903 87 0.220 88 2.532 89 6.447 90 3.790 91 1.418 92 7.399 93 6.415 94 8.612 95 0.000 96 0.000 97 0.000 98 0.000 99 0.000 100 0.068 101 0.000 102 0.010 103 0.711 104 0.378 105 7.671 106 2.323 107 1.133 108 8.458 109 4.798 110 6.998 111 0.000 112 0.000 113 0.000 114 0.000 115 0.000 116 0.018 117 0.000 118 0.000 119 0.000 120 1.502 121 0.000 122 0.000 123 0.000 124 0.000 125 0.000 126 0.000 127 0.000 128 0.000 129 0.000 130 0.502 131 0.769 132 2.291 133 2.727 134 0.005 135 0.000 136 0.722 137 5.149 138 0.000 139 2.057 140 0.332 141 0.667 142 0.823 143 0.623 144 0.421 145 0.000 146 0.000 147 0.000 148 0.000 149 0.000 150 0.747 151 0.086 152 3.864 153 6.052 154 0.642 155 6.372 156 0.000 157 0.000 158 0.000 159 0.000 160 0.000 161 0.115 162 0.000 163 0.454 164 9.424 165 2.567 166 0.018 167 0.000 168 2.738 169 5.653 170 0.000 171 0.000 172 0.000 173 0.000 174 0.000 175 0.000 176 0.000 177 0.000 178 0.000 179 0.000 180 0.000 181 0.000 182 0.000 183 0.000 184 0.000 185 0.000 186 0.000 187 1.499 188 0.000 189 0.000 190 0.000 191 0.000 192 0.000 193 0.320 194 0.000 195 0.163 196 0.000 197 0.519 198 5.253 199 2.560 200 5.476 201 0.452 202 5.419 203 5.116 204 0.000 205 0.000 206 0.000 207 0.004 208 0.000 209 0.000 210 0.000 211 0.704 212 0.670 213 0.181 214 8.663 215 3.200 216 3.827 217 6.853 218 1.892 219 3.690 220 0.000 221 0.000 222 0.000 223 0.000 224 0.000 225 2.536 226 0.000 227 1.604 228 0.000 229 0.000 230 0.000 231 0.000 232 0.000 233 1.928 234 0.000 235 0.000 236 0.010 237 0.000 238 0.000 239 0.000 240 0.069 241 0.000 242 2.627 243 2.430 244 1.323 245 0.185 246 0.000 247 0.000 248 0.000 249 1.726 250 0.000 251 3.360 252 6.701 253 8.481 254 0.000 255 0.000 256 0.000 257 8.973 258 0.000 259 0.561 260 0.000 261 0.000 262 0.666 263 0.670 264 2.887 265 0.135 266 0.000 267 5.537 268 7.122 269 1.311 270 7.825 271 5.422 272 6.768 273 0.000 274 0.000 275 0.081 276 10.866 277 4.734 278 0.147 279 0.092 280 0.000 281 8.202 282 5.063 283 8.077 284 1.388 285 1.483 286 0.000 287 0.000 288 0.187 289 0.272 290 6.265 291 0.000 292 4.791 293 5.525 294 0.044 295 0.000 296 0.000 297 0.000 298 0.000 299 2.069 300 0.000 301 1.382 302 0.000 303 0.000 304 2.303 305 0.967 306 3.783 307 0.000 308 0.000 309 0.000 310 0.000 311 0.000 312 1.440 313 0.087 314 0.161 315 0.135 316 6.199 317 0.061 318 7.547 319 6.634 320 4.313 321 0.859 322 0.000 323 0.000 324 0.000 325 0.000 326 1.562 327 0.000 328 0.000 329 0.000 330 0.702 331 5.279 332 6.959 333 0.000 334 1.793 335 1.051 336 0.000 337 0.000 338 0.000 339 0.000 340 0.108 341 0.158 342 0.150 343 0.889 344 7.964 345 3.315 346 6.173 347 0.000 348 0.000 349 0.000 350 0.000 351 0.000 352 0.000 353 0.000 354 0.030 355 0.637 356 0.791 357 0.000 358 3.939 359 1.830 360 4.571 361 2.423 362 0.603 363 10.534 364 1.583 365 5.485 366 0.000 367 0.000 368 0.000 369 0.000 370 0.000 371 0.000 372 0.000 373 0.000 374 0.000 375 0.000 376 0.000 377 0.000 378 0.000 379 0.000 380 0.000 381 0.000 382 0.038 383 1.085 384 0.624 385 0.000 386 0.000 387 0.000 388 0.000 389 7.773 390 0.000 391 1.680 392 0.000 393 0.654 394 0.748 395 5.738 396 3.608 397 9.035 398 2.445 399 8.453 400 0.000 401 0.000 402 0.000 403 7.832 404 0.000 405 2.011 406 0.000 407 0.331 408 1.355 409 0.153 410 2.712 411 1.575 412 2.075 413 10.887 414 0.000 415 0.594 416 5.347 417 0.000 418 10.008 419 1.428 420 9.003 421 0.000 422 0.000 423 0.447 424 4.157 425 0.000 426 0.810 427 0.000 428 0.000 429 0.000 430 0.000 431 0.000 432 0.000 433 0.000 434 0.015 435 0.466 436 0.271 437 0.000 438 0.018 439 0.000 440 6.030 441 3.806 442 0.000 443 0.000 444 0.000 445 0.319 446 0.000 447 0.000 448 0.000 449 0.000 450 0.000 451 0.000 452 0.000 453 0.000 454 0.000 455 0.000 456 0.000 457 0.337 458 0.000 459 0.000 460 0.054 461 0.100 462 1.831 463 0.000 464 0.000 465 2.812 466 0.000 467 6.238 468 0.000 469 1.270 470 2.909 471 0.000 472 0.000 473 0.000 474 5.408 475 1.744 476 0.000 477 0.000 478 0.000 479 0.538 480 0.000 481 2.715 482 0.000 483 0.000 484 5.153 485 0.053 486 2.471 487 0.000 488 1.747 489 2.481 490 0.000 491 0.000 492 0.000 493 0.024 494 0.000 495 0.011 496 0.000 497 0.000 498 0.047 499 0.000 500 0.944 501 0.000 502 0.000 503 1.508 504 0.000 505 4.437 506 0.000 507 0.000 508 1.642 509 0.002 510 0.000 511 0.000 512 9.576 513 4.058 514 0.139 515 0.165 516 0.333 517 8.221 518 5.815 519 8.241 520 7.800 521 4.335 522 3.455 523 0.206 524 0.341 525 0.000 526 0.034 527 0.051 528 5.886 529 5.669 530 0.000 531 0.000 532 0.000 533 6.021 534 2.027 535 0.000 536 0.889 537 7.343 538 6.474 539 7.567 540 0.000 541 0.000 542 0.000 543 2.713 544 0.000 545 1.128 546 0.000 547 2.891 548 0.757 549 4.624 550 9.093 551 9.221 552 7.428 553 2.479 554 0.000 555 0.000 556 0.000 557 4.283 558 2.153 559 0.000 560 0.000 561 3.501 562 0.000 563 2.496 564 0.000 565 0.000 566 0.000 567 0.000 568 3.475 569 0.104 570 0.000 571 0.000 572 7.852 573 1.450 574 4.478 575 0.000 576 1.268 577 0.000 578 0.872 579 0.085 580 0.315 581 6.441 582 4.998 583 4.709 584 9.138 585 0.256 586 0.000 587 0.000 588 1.384 589 0.063 590 3.943 591 0.001 592 0.737 593 2.761 594 12.678 595 8.151 596 5.589 597 0.000 598 0.000 599 0.000 600 0.000 601 0.000 602 0.000 603 0.000 604 0.000 605 0.000 606 0.000 607 0.102 608 0.000 609 0.278 610 9.309 611 0.000 612 0.000 613 0.000 614 0.000 615 4.508 616 0.000 617 5.180 618 0.000 619 0.000 620 0.000 621 9.136 622 0.050 623 1.057 624 0.828 625 7.329 626 3.144 627 0.381 628 0.000 629 0.000 630 0.611 631 0.991 632 0.000 633 1.854 634 0.000 635 0.000 636 2.820 637 0.093 638 0.042 639 0.000 640 3.770 641 6.601 642 1.600 Surface Area and Volume by Geometry Type : Convex Faces : 344 Area : 939.791 Volume : 524.811 Saddle Faces : 1026 Area : 1031.640 Volume : 962.447 Concave Faces : 684 Area : 528.204 Volume : 1054.488 Buried Polyhedra : Volume : 3763.353 Spindle Correction : Area : 3.579 Volume : -0.661 Lens Analytical Correction : Area : -4.756 Volume : 0.345 Lens Numerical Correction : Area : 0.876 Volume : 0.332 Contact-Reentrant Surface Area and Volume : Total Area : 2499.335 Square Angstroms Total Volume : 6305.115 Cubic Angstroms Tinker is Exiting following Normal Termination