## ################################################################### ## ## ## Makefile for Building the Tinker Molecular Modeling Package ## ## ## ################################################################### ## ## Invocation Options: ## ## 1. make all Build all the Tinker executables ## 2. make install Move the executables to BINDIR ## 3. make create_links Create soft links in LINKDIR ## 4. make remove_links Remove soft links from LINKDIR ## 5. make listing Concatenate source to tinker.txt ## 6. make clean Delete objects and executables ## ## Original version of this file is due to Peter Happersberger ## and Jochen Buehler of the University of Konstanz, January 1998. ## Modifications by Reece Hart & Jay Ponder, Washington University ## ## Building Tinker from source requires libraries from the FFTW ## Fast Fourier Transform package and (optionally) APBS Poisson- ## Boltzmann solver. These libraries are assumed to already be ## present, and are not built by this Makefile ## ## Java setup assumes standard installation of Oracle Java 8 JDK ## and the existence of JAVA_HOME pointing to the installation. ## On Windows set JAVA_HOME = C:\Progra~1\Java\jdk1.8.0_251, or ## similar, and "\" will convert to "/" during the Cygwin build ## ################################################################### ################################################################### ## Main Environment Variables; Change as Needed for Local Site ## ################################################################### ## BUILDDIR Top-Level Directory for Building ## TINKERDIR Tinker Top-Level Directory ## TINKER_LIBDIR Libraries needed to build Tinker ## BINDIR Directory with Tinker Executables ## LINKDIR Linked Copies of Tinker Executables ## FFTWDIR FFTW Top-Level Directory ## FFTW_LIBDIR Directory with FFTW Libraries ## FFTW_LIBS FFTW Libraries needed to build Tinker ## APBSDIR APBS Top-Level Directory ## APBS_INCDIR Directory with APBS Include Files ## APBS_LIBDIR Directory with APBS Libraries ## APBS_LIBS APBS Libraries needed to build Tinker ## FFEDIR FFE Top-Level Directory ## JAVA_INCDIR Directories with Java Include Files ## JAVA_LIBDIR Directory with Java Virtual Machine Library ## JAVA_LIBS Name of Java Virtual Machine Library BUILDDIR = $(HOME)/ffe/build TINKERDIR = $(BUILDDIR)/tinker TINKER_LIBDIR = $(TINKERDIR)/lib BINDIR = $(TINKERDIR)/bin LINKDIR = /usr/local/bin FFTWDIR = $(BUILDDIR)/fftw FFTW_LIBDIR = -L$(FFTWDIR)/lib FFTW_LIBS = -lfftw3_threads -lfftw3 APBSDIR = $(BUILDDIR)/apbs APBS_INCDIR = -I$(APBSDIR)/include APBS_LIBDIR = -L$(APBSDIR)/lib APBS_LIBS = -lapbsmainroutines -lapbs -lmaloc -lapbsblas FFEDIR = $(BUILDDIR)/ffe ## For Linux #JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/linux \ # -I$(JAVA_HOME)/include \ # -I$(JAVA_HOME)/include/linux #JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/amd64/server #JAVA_LIBS = -ljvm ## For macOS #JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/macos \ # -I$(JAVA_HOME)/include \ # -I$(JAVA_HOME)/include/darwin #JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/jre/lib/server #JAVA_LIBS = -ljvm ## For Windows JAVA_INCDIR = -I$(FFEDIR)/native -I$(FFEDIR)/native/windows \ -I$(JAVA_HOME)/include \ -I$(JAVA_HOME)/include/win32 JAVA_LIBDIR = -L$(JAVA_HOME)/lib JAVA_LIBS = -ljvm #################################################################### ## Known Machine Types; Uncomment One of the Following Sections ## ## May Need Editing to Match Your Desired OS & Compiler Version ## #################################################################### ## Build: Tinker ## OS Type: Generic Linux ## CPU Type: Intel x86 Compatible ## Compiler: GNU gfortran 9.3 ## Parallel: OpenMP #CC = gcc #F77 = gfortran #CCFLAGS = -c #F77FLAGS = -c #OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp #OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp #OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized #LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux -Wl,--no-as-needed -ldl #LIBS = -lstdc++ #LIBFLAGS = -crusv #RANLIB = ranlib #LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc #RENAME = rename_bin ## Build: Tinker ## OS Type: Apple macOS ## CPU Type: Intel x86 Compatible ## Compiler: GNU gfortran 8.1 ## Parallel: OpenMP #CC = gcc #F77 = gfortran #CCFLAGS = -c #F77FLAGS = -c #OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp #OPTFLAGS = -Ofast -mssse3 -fopenmp #OPTFLAGS = -Og -fbacktrace -fcheck=bounds -Wunused -Wmaybe-uninitialized #LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos #LIBS = -lstdc++ #LIBFLAGS = -crusv #RANLIB = ranlib -c #LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc -framework JavaVM -framework \ # CoreFoundation #RENAME = rename_bin ## Build: Tinker ## OS Type: Microsoft Windows 10 ## CPU Type: Intel x86 Compatible ## Compiler: MinGW GNU gfortran 11.2 ## Parallel: OpenMP CC = gcc F77 = gfortran CCFLAGS = -c F77FLAGS = -c #OPTFLAGS = -Ofast -march=native -fopenmp OPTFLAGS = -Ofast -msse3 -fopenmp LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/windows LIBS = -lstdc++ -lwsock32 LIBFLAGS = -crusv RANLIB = ranlib LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static RENAME = rename_exe ## Build: Tinker ## OS Type: Generic Linux ## CPU Type: Intel x86 Compatible (also AMD) ## Compiler: Intel Fortran for Linux 15.0 ## Parallel: OpenMP #F77 = ifort #F77FLAGS = -c -xHost #OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -recursive -qopenmp #LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/linux #LIBS = #LIBFLAGS = -crusv #RANLIB = echo #LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-libgcc -static-intel #RENAME = rename_bin ## Build: Tinker ## OS Type: Apple macOS ## CPU Type: Intel x86 Compatible ## Compiler: Intel Fortran for macOS 15.0 ## Parallel: OpenMP #CC = icc #F77 = ifort #CCFLAGS = -c #F77 = ifort #F77FLAGS = -c -axSSSE3 #OPTFLAGS = -O3 -no-ipo -no-prec-div -mdynamic-no-pic -qopenmp #LIBDIR = -L. -L$(TINKER_LIBDIR)/macos #LIBS = #LIBFLAGS = -crusv #RANLIB = ranlib -c #LINKFLAGS = $(OPTFLAGS) -static-intel -Wl,-stack_size,0x10000000 \ # -framework JavaVM -framework CoreFoundation #RENAME = rename_bin ################################################################# ## Should not be Necessary to Change Things Below this Point ## ################################################################# OBJS = action.o \ active.o \ alchemy.o \ align.o \ alterchg.o \ alterpol.o \ analysis.o \ analyz.o \ analyze.o \ angang.o \ angbnd.o \ angles.o \ angpot.o \ angtor.o \ anneal.o \ arcedit.o \ argue.o \ ascii.o \ atmlst.o \ atomid.o \ atoms.o \ attach.o \ baoab.o \ bar.o \ basefile.o \ bath.o \ beeman.o \ bicubic.o \ bitor.o \ bitors.o \ bndpot.o \ bndstr.o \ bonds.o \ born.o \ bound.o \ bounds.o \ boxes.o \ bussi.o \ calendar.o \ cell.o \ center.o \ cflux.o \ charge.o \ chgpen.o \ chgpot.o \ chgtrn.o \ chkpole.o \ chkring.o \ chkxyz.o \ cholesky.o \ chrono.o \ chunks.o \ clock.o \ cluster.o \ column.o \ command.o \ connect.o \ connolly.o \ control.o \ correlate.o \ couple.o \ critical.o \ crystal.o \ cspline.o \ ctrpot.o \ cutoffs.o \ damping.o \ dcflux.o \ deflate.o \ delete.o \ deriv.o \ dexpol.o \ diagq.o \ diffeq.o \ diffuse.o \ dipole.o \ disgeo.o \ disp.o \ distgeom.o \ dma.o \ document.o \ domega.o \ dsppot.o \ dynamic.o \ eangang.o \ eangang1.o \ eangang2.o \ eangang3.o \ eangle.o \ eangle1.o \ eangle2.o \ eangle3.o \ eangtor.o \ eangtor1.o \ eangtor2.o \ eangtor3.o \ ebond.o \ ebond1.o \ ebond2.o \ ebond3.o \ ebuck.o \ ebuck1.o \ ebuck2.o \ ebuck3.o \ echarge.o \ echarge1.o \ echarge2.o \ echarge3.o \ echgdpl.o \ echgdpl1.o \ echgdpl2.o \ echgdpl3.o \ echgtrn.o \ echgtrn1.o \ echgtrn2.o \ echgtrn3.o \ edipole.o \ edipole1.o \ edipole2.o \ edipole3.o \ edisp.o \ edisp1.o \ edisp2.o \ edisp3.o \ egauss.o \ egauss1.o \ egauss2.o \ egauss3.o \ egeom.o \ egeom1.o \ egeom2.o \ egeom3.o \ ehal.o \ ehal1.o \ ehal2.o \ ehal3.o \ eimprop.o \ eimprop1.o \ eimprop2.o \ eimprop3.o \ eimptor.o \ eimptor1.o \ eimptor2.o \ eimptor3.o \ elj.o \ elj1.o \ elj2.o \ elj3.o \ embed.o \ emetal.o \ emetal1.o \ emetal2.o \ emetal3.o \ emm3hb.o \ emm3hb1.o \ emm3hb2.o \ emm3hb3.o \ empole.o \ empole1.o \ empole2.o \ empole3.o \ energi.o \ energy.o \ eopbend.o \ eopbend1.o \ eopbend2.o \ eopbend3.o \ eopdist.o \ eopdist1.o \ eopdist2.o \ eopdist3.o \ epitors.o \ epitors1.o \ epitors2.o \ epitors3.o \ epolar.o \ epolar1.o \ epolar2.o \ epolar3.o \ erepel.o \ erepel1.o \ erepel2.o \ erepel3.o \ erf.o \ erxnfld.o \ erxnfld1.o \ erxnfld2.o \ erxnfld3.o \ esolv.o \ esolv1.o \ esolv2.o \ esolv3.o \ estrbnd.o \ estrbnd1.o \ estrbnd2.o \ estrbnd3.o \ estrtor.o \ estrtor1.o \ estrtor2.o \ estrtor3.o \ etors.o \ etors1.o \ etors2.o \ etors3.o \ etortor.o \ etortor1.o \ etortor2.o \ etortor3.o \ eurey.o \ eurey1.o \ eurey2.o \ eurey3.o \ evcorr.o \ ewald.o \ exfield.o \ expol.o \ extfld.o \ extra.o \ extra1.o \ extra2.o \ extra3.o \ faces.o \ fatal.o \ fft.o \ fft3d.o \ fftpack.o \ field.o \ fields.o \ files.o \ final.o \ flatten.o \ fracs.o \ freefix.o \ freeunit.o \ freeze.o \ gda.o \ geometry.o \ getarc.o \ getcart.o \ getdcd.o \ getint.o \ getkey.o \ getmol.o \ getmol2.o \ getnumb.o \ getpdb.o \ getprm.o \ getref.o \ getstring.o \ gettext.o \ getword.o \ getxyz.o \ ghmcstep.o \ gkstuf.o \ gradient.o \ gradrgd.o \ gradrot.o \ group.o \ groups.o \ grpline.o \ gyrate.o \ hescut.o \ hessian.o \ hessn.o \ hessrgd.o \ hessrot.o \ hpmf.o \ hybrid.o \ ielscf.o \ image.o \ impose.o \ improp.o \ imptor.o \ induce.o \ inertia.o \ inform.o \ initatom.o \ initial.o \ initprm.o \ initres.o \ initrot.o \ insert.o \ intedit.o \ inter.o \ intxyz.o \ invbeta.o \ invert.o \ iounit.o \ jacobi.o \ kanang.o \ kangang.o \ kangle.o \ kangs.o \ kangtor.o \ kantor.o \ katom.o \ katoms.o \ kbond.o \ kbonds.o \ kcflux.o \ kcharge.o \ kchgflx.o \ kchgtrn.o \ kchrge.o \ kcpen.o \ kctrn.o \ kdipol.o \ kdipole.o \ kdisp.o \ kdsp.o \ kewald.o \ kexpl.o \ kexpol.o \ kextra.o \ keys.o \ kgeom.o \ khbond.o \ kimprop.o \ kimptor.o \ kinetic.o \ kiprop.o \ kitors.o \ kmetal.o \ kmpole.o \ kmulti.o \ kopbend.o \ kopbnd.o \ kopdist.o \ kopdst.o \ korbit.o \ korbs.o \ kpitor.o \ kpitors.o \ kpolar.o \ kpolpr.o \ kpolr.o \ krepel.o \ krepl.o \ ksolut.o \ ksolv.o \ kstbnd.o \ kstrbnd.o \ kstrtor.o \ ksttor.o \ ktors.o \ ktorsn.o \ ktortor.o \ ktrtor.o \ kurey.o \ kurybr.o \ kvdw.o \ kvdwpr.o \ kvdws.o \ lattice.o \ lbfgs.o \ light.o \ lights.o \ limits.o \ linmin.o \ lusolve.o \ makeint.o \ makeref.o \ makexyz.o \ math.o \ maxwell.o \ mdinit.o \ mdrest.o \ mdsave.o \ mdstat.o \ mdstuf.o \ mechanic.o \ merck.o \ merge.o \ minima.o \ minimize.o \ minirot.o \ minrigid.o \ mol2xyz.o \ molcul.o \ moldyn.o \ molecule.o \ molxyz.o \ moment.o \ moments.o \ monte.o \ mplpot.o \ mpole.o \ mrecip.o \ mutant.o \ mutate.o \ nblist.o \ neigh.o \ newton.o \ newtrot.o \ nextarg.o \ nexttext.o \ nonpol.o \ nose.o \ nspline.o \ nucleic.o \ nucleo.o \ number.o \ numeral.o \ numgrad.o \ ocvm.o \ omega.o \ opbend.o \ opdist.o \ openend.o \ openmp.o \ optimize.o \ optinit.o \ optirot.o \ optrigid.o \ optsave.o \ orbital.o \ orbits.o \ orient.o \ orthog.o \ output.o \ overlap.o \ params.o \ path.o \ paths.o \ pbstuf.o \ pdb.o \ pdbxyz.o \ phipsi.o \ picalc.o \ piorbs.o \ pistuf.o \ pitors.o \ pme.o \ pmestuf.o \ pmpb.o \ polar.o \ polarize.o \ poledit.o \ polgrp.o \ polopt.o \ polpcg.o \ polpot.o \ poltcg.o \ polymer.o \ potent.o \ potential.o \ potfit.o \ predict.o \ pressure.o \ prmedit.o \ prmkey.o \ promo.o \ protein.o \ prtarc.o \ prtdcd.o \ prtdyn.o \ prterr.o \ prtint.o \ prtmol2.o \ prtpdb.o \ prtprm.o \ prtseq.o \ prtxyz.o \ pss.o \ pssrigid.o \ pssrot.o \ ptable.o \ qmstuf.o \ qrsolve.o \ quatfit.o \ radial.o \ random.o \ rattle.o \ readcart.o \ readdcd.o \ readdyn.o \ readgau.o \ readgdma.o \ readint.o \ readmol.o \ readmol2.o \ readpdb.o \ readprm.o \ readseq.o \ readxyz.o \ refer.o \ repel.o \ replica.o \ reppot.o \ resdue.o \ respa.o \ restrn.o \ rgddyn.o \ rgdstep.o \ rigid.o \ ring.o \ rings.o \ rmsfit.o \ rotbnd.o \ rotlist.o \ rotpole.o \ rxnfld.o \ rxnpot.o \ saddle.o \ scales.o \ scan.o \ sdstep.o \ search.o \ sequen.o \ server.o \ setprm.o \ shakeup.o \ shunt.o \ sigmoid.o \ simplex.o \ sizes.o \ sktstuf.o \ sniffer.o \ socket.o \ solpot.o \ solute.o \ sort.o \ spacefill.o \ spectrum.o \ square.o \ stodyn.o \ strbnd.o \ strtor.o \ suffix.o \ superpose.o \ surface.o \ surfatom.o \ switch.o \ syntrn.o \ tarray.o \ tcgstuf.o \ temper.o \ testgrad.o \ testhess.o \ testpair.o \ testpol.o \ testrot.o \ testvir.o \ timer.o \ timerot.o \ titles.o \ tncg.o \ torphase.o \ torpot.o \ torque.o \ tors.o \ torsfit.o \ torsions.o \ tortor.o \ tree.o \ trimtext.o \ unitcell.o \ units.o \ uprior.o \ urey.o \ urypot.o \ usage.o \ valence.o \ valfit.o \ vdw.o \ vdwpot.o \ verlet.o \ version.o \ vibbig.o \ vibrate.o \ vibrot.o \ vibs.o \ virial.o \ volume.o \ warp.o \ xtalfit.o \ xtalmin.o \ xtals.o \ xyzatm.o \ xyzedit.o \ xyzint.o \ xyzmol2.o \ xyzpdb.o \ zatom.o \ zclose.o \ zcoord.o EXEFILES = alchemy.x \ analyze.x \ anneal.x \ arcedit.x \ bar.x \ correlate.x \ critical.x \ crystal.x \ diffuse.x \ distgeom.x \ document.x \ dynamic.x \ freefix.x \ gda.x \ intedit.x \ intxyz.x \ minimize.x \ minirot.x \ minrigid.x \ mol2xyz.x \ molxyz.x \ monte.x \ newton.x \ newtrot.x \ nucleic.x \ optimize.x \ optirot.x \ optrigid.x \ path.x \ pdbxyz.x \ polarize.x \ poledit.x \ potential.x \ prmedit.x \ protein.x \ pss.x \ pssrigid.x \ pssrot.x \ radial.x \ saddle.x \ scan.x \ sniffer.x \ spacefill.x \ spectrum.x \ superpose.x \ testgrad.x \ testhess.x \ testpair.x \ testpol.x \ testrot.x \ testvir.x \ timer.x \ timerot.x \ torsfit.x \ valence.x \ vibbig.x \ vibrate.x \ vibrot.x \ xtalfit.x \ xtalmin.x \ xyzedit.x \ xyzint.x \ xyzmol2.x \ xyzpdb.x lbfgs.o: ${F77} ${F77FLAGS} -O1 -msse3 -fopenmp lbfgs.f -o lbfgs.o ocvm.o: ${F77} ${F77FLAGS} -O1 -msse3 -fopenmp ocvm.f -o ocvm.o tncg.o: ${F77} ${F77FLAGS} -O1 -msse3 -fopenmp tncg.f -o tncg.o %.o: %.c ${CC} ${CCFLAGS} ${JAVA_INCDIR} ${APBS_INCDIR} ${OPTFLAGS} $< %.o: %.f ${F77} ${F77FLAGS} ${OPTFLAGS} $< -o $@ %.x: %.o libtinker.a ${F77} ${LINKFLAGS} -o $@ ${LIBDIR} ${JAVA_LIBDIR} ${FFTW_LIBDIR} ${APBS_LIBDIR} $^ ${JAVA_LIBS} ${FFTW_LIBS} ${APBS_LIBS} ${LIBS}; strip $@ all: ${EXEFILES} install: ${RENAME} clean: rm -f *.o *.mod *.a *.x listing: cat *.f *.c > tinker.txt rename_bin: mv alchemy.x $(BINDIR)/alchemy mv analyze.x $(BINDIR)/analyze mv anneal.x $(BINDIR)/anneal mv arcedit.x $(BINDIR)/arcedit mv bar.x $(BINDIR)/bar mv correlate.x $(BINDIR)/correlate mv critical.x $(BINDIR)/critical mv crystal.x $(BINDIR)/crystal mv diffuse.x $(BINDIR)/diffuse mv distgeom.x $(BINDIR)/distgeom mv document.x $(BINDIR)/document mv dynamic.x $(BINDIR)/dynamic mv freefix.x $(BINDIR)/freefix mv gda.x $(BINDIR)/gda mv intedit.x $(BINDIR)/intedit mv intxyz.x $(BINDIR)/intxyz mv minimize.x $(BINDIR)/minimize mv minirot.x $(BINDIR)/minirot mv minrigid.x $(BINDIR)/minrigid mv mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz mv molxyz.x $(BINDIR)/molxyz mv monte.x $(BINDIR)/monte mv newton.x $(BINDIR)/newton mv newtrot.x $(BINDIR)/newtrot mv nucleic.x $(BINDIR)/nucleic mv optimize.x $(BINDIR)/optimize mv optirot.x $(BINDIR)/optirot mv optrigid.x $(BINDIR)/optrigid mv path.x $(BINDIR)/path mv pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz mv polarize.x $(BINDIR)/polarize mv poledit.x $(BINDIR)/poledit mv potential.x $(BINDIR)/potential mv prmedit.x $(BINDIR)/prmedit mv protein.x $(BINDIR)/protein mv pss.x $(BINDIR)/pss mv pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid mv pssrot.x $(BINDIR)/pssrot mv radial.x $(BINDIR)/radial mv saddle.x $(BINDIR)/saddle mv scan.x $(BINDIR)/scan mv sniffer.x $(BINDIR)/sniffer mv spacefill.x $(BINDIR)/spacefill mv spectrum.x $(BINDIR)/spectrum mv superpose.x $(BINDIR)/superpose mv testgrad.x $(BINDIR)/testgrad mv testhess.x $(BINDIR)/testhess mv testpair.x $(BINDIR)/testpair mv testpol.x $(BINDIR)/testpol mv testrot.x $(BINDIR)/testrot mv testvir.x $(BINDIR)/testvir mv timer.x $(BINDIR)/timer mv timerot.x $(BINDIR)/timerot mv torsfit.x $(BINDIR)/torsfit mv valence.x $(BINDIR)/valence mv vibbig.x $(BINDIR)/vibbig mv vibrate.x $(BINDIR)/vibrate mv vibrot.x $(BINDIR)/vibrot mv xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit mv xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin mv xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit mv xyzint.x $(BINDIR)/xyzint mv xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2 mv xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb rename_exe: mv alchemy.x $(BINDIR)/alchemy.exe mv analyze.x $(BINDIR)/analyze.exe mv anneal.x $(BINDIR)/anneal.exe mv arcedit.x $(BINDIR)/arcedit.exe mv bar.x $(BINDIR)/bar.exe mv correlate.x $(BINDIR)/correlate.exe mv critical.x $(BINDIR)/critical.exe mv crystal.x $(BINDIR)/crystal.exe mv diffuse.x $(BINDIR)/diffuse.exe mv distgeom.x $(BINDIR)/distgeom.exe mv document.x $(BINDIR)/document.exe mv dynamic.x $(BINDIR)/dynamic.exe mv freefix.x $(BINDIR)/freefix.exe mv gda.x $(BINDIR)/gda.exe mv intedit.x $(BINDIR)/intedit.exe mv intxyz.x $(BINDIR)/intxyz.exe mv minimize.x $(BINDIR)/minimize.exe mv minirot.x $(BINDIR)/minirot.exe mv minrigid.x $(BINDIR)/minrigid.exe mv mol2xyz.x $(BINDIR)/mol2xyz.exe mv molxyz.x $(BINDIR)/molxyz.exe mv monte.x $(BINDIR)/monte.exe mv newton.x $(BINDIR)/newton.exe mv newtrot.x $(BINDIR)/newtrot.exe mv nucleic.x $(BINDIR)/nucleic.exe mv optimize.x $(BINDIR)/optimize.exe mv optirot.x $(BINDIR)/optirot.exe mv optrigid.x $(BINDIR)/optrigid.exe mv path.x $(BINDIR)/path.exe mv pdbxyz.x $(BINDIR)/pdbxyz.exe mv polarize.x $(BINDIR)/polarize.exe mv poledit.x $(BINDIR)/poledit.exe mv potential.x $(BINDIR)/potential.exe mv prmedit.x $(BINDIR)/prmedit.exe mv protein.x $(BINDIR)/protein.exe mv pss.x $(BINDIR)/pss.exe mv pssrigid.x $(BINDIR)/pssrigid.exe mv pssrot.x $(BINDIR)/pssrot.exe mv radial.x $(BINDIR)/radial.exe mv saddle.x $(BINDIR)/saddle.exe mv scan.x $(BINDIR)/scan.exe mv sniffer.x $(BINDIR)/sniffer.exe mv spacefill.x $(BINDIR)/spacefill.exe mv spectrum.x $(BINDIR)/spectrum.exe mv superpose.x $(BINDIR)/superpose.exe mv testgrad.x $(BINDIR)/testgrad.exe mv testhess.x $(BINDIR)/testhess.exe mv testpair.x $(BINDIR)/testpair.exe mv testpol.x $(BINDIR)/testpol.exe mv testrot.x $(BINDIR)/testrot.exe mv testvir.x $(BINDIR)/testvir.exe mv timer.x $(BINDIR)/timer.exe mv timerot.x $(BINDIR)/timerot.exe mv torsfit.x $(BINDIR)/torsfit.exe mv valence.x $(BINDIR)/valence.exe mv vibbig.x $(BINDIR)/vibbig.exe mv vibrate.x $(BINDIR)/vibrate.exe mv vibrot.x $(BINDIR)/vibrot.exe mv xtalfit.x $(BINDIR)/xtalfit.exe mv xtalmin.x $(BINDIR)/xtalmin.exe mv xyzedit.x $(BINDIR)/xyzedit.exe mv xyzint.x $(BINDIR)/xyzint.exe mv xyzmol2.x $(BINDIR)/xyzmol2.exe mv xyzpdb.x $(BINDIR)/xyzpdb.exe remove_links: rm -f $(LINKDIR)/alchemy rm -f $(LINKDIR)/analyze rm -f $(LINKDIR)/anneal rm -f $(LINKDIR)/arcedit rm -f $(LINKDIR)/bar rm -f $(LINKDIR)/correlate rm -f $(LINKDIR)/critical rm -f $(LINKDIR)/crystal rm -f $(LINKDIR)/diffuse rm -f $(LINKDIR)/distgeom rm -f $(LINKDIR)/document rm -f $(LINKDIR)/dynamic rm -f $(LINKDIR)/freefix rm -f $(LINKDIR)/gda rm -f $(LINKDIR)/intedit rm -f $(LINKDIR)/intxyz rm -f $(LINKDIR)/minimize rm -f $(LINKDIR)/minirot rm -f $(LINKDIR)/minrigid rm -f $(LINKDIR)/mol2xyz rm -f $(LINKDIR)/molxyz rm -f $(LINKDIR)/monte rm -f $(LINKDIR)/newton rm -f $(LINKDIR)/newtrot rm -f $(LINKDIR)/nucleic rm -f $(LINKDIR)/optimize rm -f $(LINKDIR)/optirot rm -f $(LINKDIR)/optrigid rm -f $(LINKDIR)/path rm -f $(LINKDIR)/pdbxyz rm -f $(LINKDIR)/polarize rm -f $(LINKDIR)/poledit rm -f $(LINKDIR)/potential rm -f $(LINKDIR)/prmedit rm -f $(LINKDIR)/protein rm -f $(LINKDIR)/pss rm -f $(LINKDIR)/pssrigid rm -f $(LINKDIR)/pssrot rm -f $(LINKDIR)/radial rm -f $(LINKDIR)/saddle rm -f $(LINKDIR)/scan rm -f $(LINKDIR)/sniffer rm -f $(LINKDIR)/spacefill rm -f $(LINKDIR)/spectrum rm -f $(LINKDIR)/superpose rm -f $(LINKDIR)/testgrad rm -f $(LINKDIR)/testhess rm -f $(LINKDIR)/testpair rm -f $(LINKDIR)/testpol rm -f $(LINKDIR)/testrot rm -f $(LINKDIR)/testvir rm -f $(LINKDIR)/timer rm -f $(LINKDIR)/timerot rm -f $(LINKDIR)/torsfit rm -f $(LINKDIR)/valence rm -f $(LINKDIR)/vibbig rm -f $(LINKDIR)/vibrate rm -f $(LINKDIR)/vibrot rm -f $(LINKDIR)/xtalfit rm -f $(LINKDIR)/xtalmin rm -f $(LINKDIR)/xyzedit rm -f $(LINKDIR)/xyzint rm -f $(LINKDIR)/xyzmol2 rm -f $(LINKDIR)/xyzpdb create_links: ln -s $(BINDIR)/alchemy $(LINKDIR)/alchemy ln -s $(BINDIR)/analyze $(LINKDIR)/analyze ln -s $(BINDIR)/anneal $(LINKDIR)/anneal ln -s $(BINDIR)/arcedit $(LINKDIR)/arcedit ln -s $(BINDIR)/bar $(LINKDIR)/bar ln -s $(BINDIR)/correlate $(LINKDIR)/correlate ln -s $(BINDIR)/critical $(LINKDIR)/critical ln -s $(BINDIR)/crystal $(LINKDIR)/crystal ln -s $(BINDIR)/diffuse $(LINKDIR)/diffuse ln -s $(BINDIR)/distgeom $(LINKDIR)/distgeom ln -s $(BINDIR)/document $(LINKDIR)/document ln -s $(BINDIR)/dynamic $(LINKDIR)/dynamic ln -s $(BINDIR)/freefix $(LINKDIR)/freefix ln -s $(BINDIR)/gda $(LINKDIR)/gda ln -s $(BINDIR)/intedit $(LINKDIR)/intedit ln -s $(BINDIR)/intxyz $(LINKDIR)/intxyz ln -s $(BINDIR)/minimize $(LINKDIR)/minimize ln -s $(BINDIR)/minirot $(LINKDIR)/minirot ln -s $(BINDIR)/minrigid $(LINKDIR)/minrigid ln -s $(BINDIR)/mol2xyz $(LINKDIR)/mol2xyz ln -s $(BINDIR)/molxyz $(LINKDIR)/molxyz ln -s $(BINDIR)/monte $(LINKDIR)/monte ln -s $(BINDIR)/newton $(LINKDIR)/newton ln -s $(BINDIR)/newtrot $(LINKDIR)/newtrot ln -s $(BINDIR)/nucleic $(LINKDIR)/nucleic ln -s $(BINDIR)/optimize $(LINKDIR)/optimize ln -s $(BINDIR)/optirot $(LINKDIR)/optirot ln -s $(BINDIR)/optrigid $(LINKDIR)/optrigid ln -s $(BINDIR)/path $(LINKDIR)/path ln -s $(BINDIR)/pdbxyz $(LINKDIR)/pdbxyz ln -s $(BINDIR)/polarize $(LINKDIR)/polarize ln -s $(BINDIR)/poledit $(LINKDIR)/poledit ln -s $(BINDIR)/potential $(LINKDIR)/potential ln -s $(BINDIR)/prmedit $(LINKDIR)/prmedit ln -s $(BINDIR)/protein $(LINKDIR)/protein ln -s $(BINDIR)/pss $(LINKDIR)/pss ln -s $(BINDIR)/pssrigid $(LINKDIR)/pssrigid ln -s $(BINDIR)/pssrot $(LINKDIR)/pssrot ln -s $(BINDIR)/radial $(LINKDIR)/radial ln -s $(BINDIR)/saddle $(LINKDIR)/saddle ln -s $(BINDIR)/scan $(LINKDIR)/scan ln -s $(BINDIR)/sniffer $(LINKDIR)/sniffer ln -s $(BINDIR)/spacefill $(LINKDIR)/spacefill ln -s $(BINDIR)/spectrum $(LINKDIR)/spectrum ln -s $(BINDIR)/superpose $(LINKDIR)/superpose ln -s $(BINDIR)/testgrad $(LINKDIR)/testgrad ln -s $(BINDIR)/testhess $(LINKDIR)/testhess ln -s $(BINDIR)/testpair $(LINKDIR)/testpair ln -s $(BINDIR)/testpol $(LINKDIR)/testpol ln -s $(BINDIR)/testrot $(LINKDIR)/testrot ln -s $(BINDIR)/testvir $(LINKDIR)/testvir ln -s $(BINDIR)/timer $(LINKDIR)/timer ln -s $(BINDIR)/timerot $(LINKDIR)/timerot ln -s $(BINDIR)/torsfit $(LINKDIR)/torsfit ln -s $(BINDIR)/valence $(LINKDIR)/valence ln -s $(BINDIR)/vibbig $(LINKDIR)/vibbig ln -s $(BINDIR)/vibrate $(LINKDIR)/vibrate ln -s $(BINDIR)/vibrot $(LINKDIR)/vibrot ln -s $(BINDIR)/xtalfit $(LINKDIR)/xtalfit ln -s $(BINDIR)/xtalmin $(LINKDIR)/xtalmin ln -s $(BINDIR)/xyzedit $(LINKDIR)/xyzedit ln -s $(BINDIR)/xyzint $(LINKDIR)/xyzint ln -s $(BINDIR)/xyzmol2 $(LINKDIR)/xyzmol2 ln -s $(BINDIR)/xyzpdb $(LINKDIR)/xyzpdb libtinker.a: ${OBJS} ar ${LIBFLAGS} libtinker.a \ action.o \ active.o \ align.o \ alterchg.o \ alterpol.o \ analysis.o \ analyz.o \ angang.o \ angbnd.o \ angles.o \ angpot.o \ angtor.o \ argue.o \ ascii.o \ atmlst.o \ atomid.o \ atoms.o \ attach.o \ baoab.o \ basefile.o \ bath.o \ beeman.o \ bicubic.o \ bitor.o \ bitors.o \ bndpot.o \ bndstr.o \ bonds.o \ born.o \ bound.o \ bounds.o \ boxes.o \ bussi.o \ calendar.o \ cell.o \ center.o \ cflux.o \ charge.o \ chgpen.o \ chgpot.o \ chgtrn.o \ chkpole.o \ chkring.o \ chkxyz.o \ cholesky.o \ chrono.o \ chunks.o \ clock.o \ cluster.o \ column.o \ command.o \ connect.o \ connolly.o \ control.o \ couple.o \ cspline.o \ ctrpot.o \ cutoffs.o \ damping.o \ dcflux.o \ deflate.o \ delete.o \ deriv.o \ dexpol.o \ diagq.o \ diffeq.o \ dipole.o \ disgeo.o \ disp.o \ dma.o \ domega.o \ dsppot.o \ eangang.o \ eangang1.o \ eangang2.o \ eangang3.o \ eangle.o \ eangle1.o \ eangle2.o \ eangle3.o \ eangtor.o \ eangtor1.o \ eangtor2.o \ eangtor3.o \ ebond.o \ ebond1.o \ ebond2.o \ ebond3.o \ ebuck.o \ ebuck1.o \ ebuck2.o \ ebuck3.o \ echarge.o \ echarge1.o \ echarge2.o \ echarge3.o \ echgdpl.o \ echgdpl1.o \ echgdpl2.o \ echgdpl3.o \ echgtrn.o \ echgtrn1.o \ echgtrn2.o \ echgtrn3.o \ edipole.o \ edipole1.o \ edipole2.o \ edipole3.o \ edisp.o \ edisp1.o \ edisp2.o \ edisp3.o \ egauss.o \ egauss1.o \ egauss2.o \ egauss3.o \ egeom.o \ egeom1.o \ egeom2.o \ egeom3.o \ ehal.o \ ehal1.o \ ehal2.o \ ehal3.o \ eimprop.o \ eimprop1.o \ eimprop2.o \ eimprop3.o \ eimptor.o \ eimptor1.o \ eimptor2.o \ eimptor3.o \ elj.o \ elj1.o \ elj2.o \ elj3.o \ embed.o \ emetal.o \ emetal1.o \ emetal2.o \ emetal3.o \ emm3hb.o \ emm3hb1.o \ emm3hb2.o \ emm3hb3.o \ empole.o \ empole1.o \ empole2.o \ empole3.o \ energi.o \ energy.o \ eopbend.o \ eopbend1.o \ eopbend2.o \ eopbend3.o \ eopdist.o \ eopdist1.o \ eopdist2.o \ eopdist3.o \ epitors.o \ epitors1.o \ epitors2.o \ epitors3.o \ epolar.o \ epolar1.o \ epolar2.o \ epolar3.o \ erepel.o \ erepel1.o \ erepel2.o \ erepel3.o \ erf.o \ erxnfld.o \ erxnfld1.o \ erxnfld2.o \ erxnfld3.o \ esolv.o \ esolv1.o \ esolv2.o \ esolv3.o \ estrbnd.o \ estrbnd1.o \ estrbnd2.o \ estrbnd3.o \ estrtor.o \ estrtor1.o \ estrtor2.o \ estrtor3.o \ etors.o \ etors1.o \ etors2.o \ etors3.o \ etortor.o \ etortor1.o \ etortor2.o \ etortor3.o \ eurey.o \ eurey1.o \ eurey2.o \ eurey3.o \ evcorr.o \ ewald.o \ exfield.o \ expol.o \ extfld.o \ extra.o \ extra1.o \ extra2.o \ extra3.o \ faces.o \ fatal.o \ fft.o \ fft3d.o \ fftpack.o \ field.o \ fields.o \ files.o \ final.o \ flatten.o \ fracs.o \ freeunit.o \ freeze.o \ geometry.o \ getarc.o \ getcart.o \ getdcd.o \ getint.o \ getkey.o \ getmol.o \ getmol2.o \ getnumb.o \ getpdb.o \ getprm.o \ getref.o \ getstring.o \ gettext.o \ getword.o \ getxyz.o \ ghmcstep.o \ gkstuf.o \ gradient.o \ gradrgd.o \ gradrot.o \ group.o \ groups.o \ grpline.o \ gyrate.o \ hescut.o \ hessian.o \ hessn.o \ hessrgd.o \ hessrot.o \ hpmf.o \ hybrid.o \ ielscf.o \ image.o \ impose.o \ improp.o \ imptor.o \ induce.o \ inertia.o \ inform.o \ initatom.o \ initial.o \ initprm.o \ initres.o \ initrot.o \ insert.o \ inter.o \ invbeta.o \ invert.o \ iounit.o \ jacobi.o \ kanang.o \ kangang.o \ kangle.o \ kangs.o \ kangtor.o \ kantor.o \ katom.o \ katoms.o \ kbond.o \ kbonds.o \ kcflux.o \ kcharge.o \ kchgflx.o \ kchgtrn.o \ kchrge.o \ kcpen.o \ kctrn.o \ kdipol.o \ kdipole.o \ kdisp.o \ kdsp.o \ kewald.o \ kexpl.o \ kexpol.o \ kextra.o \ keys.o \ kgeom.o \ khbond.o \ kimprop.o \ kimptor.o \ kinetic.o \ kiprop.o \ kitors.o \ kmetal.o \ kmpole.o \ kmulti.o \ kopbend.o \ kopbnd.o \ kopdist.o \ kopdst.o \ korbit.o \ korbs.o \ kpitor.o \ kpitors.o \ kpolar.o \ kpolpr.o \ kpolr.o \ krepel.o \ krepl.o \ ksolut.o \ ksolv.o \ kstbnd.o \ kstrbnd.o \ kstrtor.o \ ksttor.o \ ktors.o \ ktorsn.o \ ktortor.o \ ktrtor.o \ kurey.o \ kurybr.o \ kvdw.o \ kvdwpr.o \ kvdws.o \ lattice.o \ lbfgs.o \ light.o \ lights.o \ limits.o \ linmin.o \ lusolve.o \ makeint.o \ makeref.o \ makexyz.o \ math.o \ maxwell.o \ mdinit.o \ mdrest.o \ mdsave.o \ mdstat.o \ mdstuf.o \ mechanic.o \ merck.o \ merge.o \ minima.o \ molcul.o \ moldyn.o \ molecule.o \ moment.o \ moments.o \ mplpot.o \ mpole.o \ mrecip.o \ mutant.o \ mutate.o \ nblist.o \ neigh.o \ nextarg.o \ nexttext.o \ nonpol.o \ nose.o \ nspline.o \ nucleo.o \ number.o \ numeral.o \ numgrad.o \ ocvm.o \ omega.o \ opbend.o \ opdist.o \ openend.o \ openmp.o \ optinit.o \ optsave.o \ orbital.o \ orbits.o \ orient.o \ orthog.o \ output.o \ overlap.o \ params.o \ paths.o \ pbstuf.o \ pdb.o \ phipsi.o \ picalc.o \ piorbs.o \ pistuf.o \ pitors.o \ pme.o \ pmestuf.o \ pmpb.o \ polar.o \ polgrp.o \ polopt.o \ polpcg.o \ polpot.o \ poltcg.o \ polymer.o \ potent.o \ potfit.o \ predict.o \ pressure.o \ prmkey.o \ promo.o \ prtarc.o \ prtdcd.o \ prtdyn.o \ prterr.o \ prtint.o \ prtmol2.o \ prtpdb.o \ prtprm.o \ prtseq.o \ prtxyz.o \ ptable.o \ qmstuf.o \ qrsolve.o \ quatfit.o \ random.o \ rattle.o \ readcart.o \ readdcd.o \ readdyn.o \ readgau.o \ readgdma.o \ readint.o \ readmol.o \ readmol2.o \ readpdb.o \ readprm.o \ readseq.o \ readxyz.o \ refer.o \ repel.o \ replica.o \ reppot.o \ resdue.o \ respa.o \ restrn.o \ rgddyn.o \ rgdstep.o \ rigid.o \ ring.o \ rings.o \ rmsfit.o \ rotbnd.o \ rotlist.o \ rotpole.o \ rxnfld.o \ rxnpot.o \ scales.o \ sdstep.o \ search.o \ sequen.o \ server.o \ setprm.o \ shakeup.o \ shunt.o \ sigmoid.o \ simplex.o \ sizes.o \ sktstuf.o \ socket.o \ solpot.o \ solute.o \ sort.o \ square.o \ stodyn.o \ strbnd.o \ strtor.o \ suffix.o \ surface.o \ surfatom.o \ switch.o \ syntrn.o \ tarray.o \ tcgstuf.o \ temper.o \ titles.o \ tncg.o \ torphase.o \ torpot.o \ torque.o \ tors.o \ torsions.o \ tortor.o \ tree.o \ trimtext.o \ unitcell.o \ units.o \ uprior.o \ urey.o \ urypot.o \ usage.o \ valfit.o \ vdw.o \ vdwpot.o \ verlet.o \ version.o \ vibs.o \ virial.o \ volume.o \ warp.o \ xtals.o \ xyzatm.o \ zatom.o \ zclose.o \ zcoord.o ${RANLIB} libtinker.a ############################################################### ## Next Section has Explicit Dependencies on Include Files ## ############################################################### action.o: active.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o usage.o alchemy.o: analyz.o atoms.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o mutant.o potent.o units.o usage.o align.o: alterchg.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o charge.o chgpen.o inform.o iounit.o math.o mplpot.o mpole.o sizes.o alterpol.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o expol.o limits.o mpole.o neigh.o polgrp.o polpot.o shunt.o analysis.o: analyz.o atoms.o energi.o group.o inter.o iounit.o limits.o potent.o vdwpot.o analyz.o: analyze.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o angtor.o atomid.o atoms.o bath.o bitor.o bndstr.o bound.o boxes.o cflux.o charge.o chgpen.o chgpot.o chgtrn.o couple.o deriv.o dipole.o disp.o energi.o ewald.o fields.o files.o improp.o imptor.o inform.o inter.o iounit.o korbs.o ktrtor.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o moment.o mplpot.o mpole.o opbend.o opdist.o output.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o repel.o solute.o strbnd.o strtor.o titles.o tors.o tortor.o units.o urey.o vdw.o vdwpot.o virial.o angang.o: angbnd.o: angles.o: angbnd.o atmlst.o atoms.o couple.o iounit.o angpot.o: angtor.o: anneal.o: atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o mdstuf.o potent.o solute.o usage.o warp.o arcedit.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o output.o usage.o argue.o: ascii.o: atmlst.o: atomid.o: sizes.o atoms.o: sizes.o attach.o: atoms.o couple.o iounit.o baoab.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o limits.o mdstuf.o moldyn.o potent.o stodyn.o units.o usage.o virial.o bar.o: boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o output.o titles.o units.o basefile.o: ascii.o files.o bath.o: beeman.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o bicubic.o: bitor.o: bitors.o: angbnd.o atoms.o bitor.o couple.o iounit.o bndpot.o: bndstr.o: bonds.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o born.o: atomid.o atoms.o bath.o chgpot.o couple.o deriv.o inform.o iounit.o math.o mpole.o pbstuf.o solpot.o solute.o virial.o bound.o: bounds.o: atomid.o atoms.o boxes.o math.o molcul.o boxes.o: bussi.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o calendar.o: cell.o: center.o: align.o cflux.o: charge.o: chgpot.o: chgtrn.o: chkpole.o: atoms.o mpole.o repel.o chkring.o: couple.o chkxyz.o: atoms.o iounit.o cholesky.o: chrono.o: chunks.o: clock.o: chrono.o cluster.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o keys.o limits.o molcul.o column.o: command.o: argue.o connect.o: atoms.o couple.o zclose.o zcoord.o connolly.o: atoms.o faces.o inform.o iounit.o math.o control.o: argue.o inform.o keys.o output.o correlate.o: ascii.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o couple.o: sizes.o critical.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o minima.o output.o sizes.o usage.o crystal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o iounit.o math.o molcul.o cspline.o: iounit.o ctrpot.o: cutoffs.o: atoms.o bound.o hescut.o keys.o limits.o neigh.o polpot.o tarray.o damping.o: atoms.o ewald.o math.o mplpot.o mpole.o polar.o polpot.o dcflux.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o bound.o cflux.o sizes.o deflate.o: iounit.o delete.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o deriv.o: dexpol.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o couple.o deriv.o expol.o limits.o math.o mpole.o neigh.o polar.o polgrp.o polpot.o shunt.o units.o virial.o diagq.o: diffeq.o: atoms.o iounit.o math.o warp.o diffuse.o: atomid.o atoms.o bound.o inform.o iounit.o molcul.o usage.o dipole.o: disgeo.o: disp.o: distgeom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o refer.o restrn.o tors.o dma.o: document.o: iounit.o domega.o: dynamic.o: atoms.o bath.o bndstr.o bound.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o potent.o stodyn.o usage.o eangang.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o eangang1.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o eangang2.o: angang.o angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o eangang3.o: action.o analyz.o angang.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o eangle.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o usage.o eangle1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o usage.o virial.o eangle2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o eangle3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o usage.o eangtor.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o eangtor1.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o eangtor2.o: angbnd.o angtor.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o eangtor3.o: action.o analyz.o angbnd.o angtor.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o ebond.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o usage.o ebond1.o: atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o usage.o virial.o ebond2.o: atmlst.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o couple.o group.o hessn.o ebond3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o usage.o ebuck.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o ebuck1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o ebuck2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o iounit.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o ebuck3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o echarge.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o group.o iounit.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o echarge1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o extfld.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o warp.o echarge2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o ewald.o group.o hessn.o limits.o math.o neigh.o pme.o shunt.o warp.o echarge3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o warp.o echgdpl.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o echgdpl1.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o echgdpl2.o: atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o echgdpl3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o charge.o chgpot.o couple.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o echgtrn.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o light.o limits.o mplpot.o mpole.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o echgtrn1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o deriv.o energi.o group.o limits.o mplpot.o mpole.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o virial.o echgtrn2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o group.o hessn.o mplpot.o mpole.o mutant.o shunt.o usage.o echgtrn3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o chgtrn.o couple.o ctrpot.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o edipole.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o edipole1.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o deriv.o dipole.o energi.o group.o shunt.o units.o usage.o virial.o edipole2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o group.o hessn.o shunt.o units.o edipole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o chgpot.o dipole.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o molcul.o shunt.o units.o usage.o edisp.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o edisp1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o limits.o math.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o virial.o edisp2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o group.o hessn.o shunt.o usage.o edisp3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o disp.o dsppot.o energi.o ewald.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o pme.o shunt.o usage.o egauss.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o egauss1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o egauss2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o egauss3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o egeom.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o egeom1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o energi.o group.o math.o molcul.o restrn.o usage.o virial.o egeom2.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o deriv.o group.o hessn.o math.o molcul.o restrn.o egeom3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o math.o molcul.o restrn.o usage.o ehal.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o ehal1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o ehal2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o ehal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o eimprop.o: atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o eimprop1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o improp.o math.o torpot.o usage.o virial.o eimprop2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o improp.o math.o torpot.o eimprop3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o improp.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o eimptor.o: atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o eimptor1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o imptor.o torpot.o usage.o virial.o eimptor2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o imptor.o torpot.o eimptor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o imptor.o inform.o iounit.o math.o torpot.o usage.o elj.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o math.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o elj1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o math.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o warp.o elj2.o: atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o group.o hessn.o math.o shunt.o vdw.o vdwpot.o warp.o elj3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o math.o molcul.o mutant.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o warp.o embed.o: angbnd.o atoms.o bndstr.o couple.o disgeo.o files.o inform.o iounit.o keys.o light.o math.o minima.o output.o refer.o restrn.o tors.o units.o emetal.o: atomid.o atoms.o couple.o energi.o kchrge.o emetal1.o: atomid.o atoms.o couple.o deriv.o energi.o kchrge.o emetal2.o: emetal3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o energi.o kchrge.o emm3hb.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o emm3hb1.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o light.o limits.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o virial.o emm3hb2.o: atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o cell.o chgpot.o couple.o group.o hessn.o shunt.o vdw.o vdwpot.o emm3hb3.o: action.o analyz.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o cell.o chgpot.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o light.o limits.o molcul.o neigh.o shunt.o usage.o vdw.o vdwpot.o empole.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polpot.o shunt.o usage.o empole1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o extfld.o group.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o virial.o empole2.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o group.o hessn.o limits.o molcul.o mplpot.o mpole.o potent.o shunt.o usage.o empole3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o potent.o shunt.o usage.o energi.o: energy.o: energi.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o eopbend.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o energi.o fields.o group.o math.o opbend.o usage.o eopbend1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o opbend.o usage.o virial.o eopbend2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o opbend.o eopbend3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o opbend.o usage.o eopdist.o: angpot.o atoms.o bound.o energi.o group.o opdist.o usage.o eopdist1.o: angpot.o atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o opdist.o usage.o virial.o eopdist2.o: angpot.o atoms.o bound.o group.o hessn.o opdist.o usage.o eopdist3.o: action.o analyz.o angpot.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o opdist.o usage.o epitors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o epitors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o pitors.o torpot.o usage.o virial.o epitors2.o: angbnd.o atoms.o bound.o deriv.o group.o hessn.o pitors.o torpot.o usage.o epitors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o pitors.o torpot.o usage.o epolar.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o epolar1.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o ewald.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o virial.o epolar2.o: atoms.o bound.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o deriv.o hessn.o limits.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o shunt.o epolar3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o chgpot.o couple.o energi.o ewald.o extfld.o inform.o inter.o iounit.o limits.o math.o molcul.o mplpot.o mpole.o mrecip.o neigh.o pme.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o units.o erepel.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o limits.o mpole.o mutant.o neigh.o polar.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o erepel1.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o energi.o group.o inform.o limits.o mpole.o mutant.o neigh.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o virial.o erepel2.o: atoms.o bound.o cell.o couple.o deriv.o group.o hessn.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o erepel3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o cell.o couple.o energi.o group.o inform.o inter.o iounit.o limits.o molcul.o mpole.o mutant.o neigh.o polar.o repel.o reppot.o shunt.o usage.o erf.o: iounit.o math.o erxnfld.o: atoms.o chgpot.o energi.o mpole.o rxnfld.o rxnpot.o shunt.o usage.o erxnfld1.o: atoms.o deriv.o energi.o erxnfld2.o: erxnfld3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o chgpot.o energi.o inform.o iounit.o mpole.o shunt.o usage.o esolv.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o esolv1.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o kvdws.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o virial.o warp.o esolv2.o: atoms.o charge.o chgpot.o deriv.o hessn.o math.o mpole.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o warp.o esolv3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o charge.o chgpot.o couple.o deriv.o energi.o gkstuf.o group.o hpmf.o inform.o inter.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o neigh.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o usage.o vdw.o warp.o estrbnd.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o estrbnd1.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o strbnd.o usage.o virial.o estrbnd2.o: angbnd.o angpot.o atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o math.o strbnd.o estrbnd3.o: action.o analyz.o angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strbnd.o usage.o estrtor.o: atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o estrtor1.o: atoms.o bndstr.o bound.o deriv.o energi.o group.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o virial.o estrtor2.o: atoms.o bndstr.o bound.o group.o hessn.o strtor.o torpot.o tors.o estrtor3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o strtor.o torpot.o tors.o usage.o etors.o: atoms.o bound.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o etors1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o math.o torpot.o tors.o usage.o virial.o warp.o etors2.o: atoms.o bound.o group.o hessn.o math.o torpot.o tors.o warp.o etors3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o math.o torpot.o tors.o usage.o warp.o etortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o bound.o couple.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o etortor1.o: atoms.o bitor.o bound.o deriv.o energi.o group.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o virial.o etortor2.o: atoms.o bitor.o bound.o group.o hessn.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o units.o etortor3.o: action.o analyz.o atoms.o bitor.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o ktrtor.o math.o torpot.o tortor.o usage.o eurey.o: atoms.o bound.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o eurey1.o: atoms.o bound.o deriv.o energi.o group.o urey.o urypot.o usage.o virial.o eurey2.o: atoms.o bound.o couple.o group.o hessn.o urey.o urypot.o eurey3.o: action.o analyz.o atomid.o atoms.o bound.o energi.o group.o inform.o iounit.o urey.o urypot.o usage.o evcorr.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o kdsp.o limits.o math.o mutant.o potent.o shunt.o vdw.o vdwpot.o ewald.o: exfield.o: action.o analyz.o atoms.o charge.o chgpot.o deriv.o energi.o extfld.o mpole.o usage.o virial.o expol.o: extfld.o: extra.o: energi.o extra1.o: atoms.o deriv.o energi.o extra2.o: atoms.o hessn.o extra3.o: action.o analyz.o atoms.o energi.o faces.o: fatal.o: iounit.o fft.o: fft3d.o: fft.o openmp.o pme.o fftpack.o: math.o field.o: fields.o inform.o iounit.o keys.o potent.o sizes.o fields.o: files.o: final.o: align.o analyz.o angang.o angbnd.o angtor.o atmlst.o bitor.o bndstr.o cell.o cflux.o charge.o chgpen.o chgtrn.o chunks.o couple.o deriv.o dipole.o disgeo.o domega.o expol.o faces.o fft.o fields.o fracs.o freeze.o group.o hessn.o hpmf.o ielscf.o improp.o imptor.o inform.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o light.o limits.o merck.o molcul.o moldyn.o mpole.o mrecip.o mutant.o neigh.o nonpol.o omega.o opbend.o opdist.o orbits.o paths.o pbstuf.o pdb.o piorbs.o pistuf.o pitors.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o poltcg.o potfit.o qmstuf.o refer.o repel.o restrn.o rgddyn.o rigid.o ring.o rotbnd.o socket.o solpot.o solute.o stodyn.o strbnd.o strtor.o syntrn.o tarray.o tors.o tortor.o uprior.o urey.o usage.o vdw.o vibs.o warp.o flatten.o: atoms.o fields.o inform.o iounit.o keys.o warp.o fracs.o: freefix.o: iounit.o math.o units.o freeunit.o: iounit.o freeze.o: gda.o: atoms.o files.o iounit.o minima.o potent.o vdwpot.o warp.o geometry.o: atoms.o math.o getarc.o: files.o inform.o iounit.o output.o getcart.o: files.o inform.o iounit.o output.o getdcd.o: files.o inform.o iounit.o output.o getint.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o output.o getkey.o: argue.o files.o iounit.o keys.o openmp.o getmol.o: files.o inform.o iounit.o getmol2.o: files.o inform.o iounit.o getnumb.o: ascii.o getpdb.o: files.o inform.o iounit.o getprm.o: files.o inform.o iounit.o keys.o params.o getref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o getstring.o: ascii.o gettext.o: ascii.o getword.o: ascii.o getxyz.o: files.o inform.o iounit.o output.o ghmcstep.o: atomid.o atoms.o bath.o freeze.o iounit.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o gkstuf.o: sizes.o gradient.o: atoms.o couple.o deriv.o energi.o inform.o inter.o iounit.o limits.o potent.o rigid.o vdwpot.o virial.o gradrgd.o: atoms.o group.o rigid.o gradrot.o: atoms.o deriv.o domega.o omega.o potent.o rotbnd.o group.o: groups.o: group.o grpline.o: atomid.o atoms.o group.o rgddyn.o gyrate.o: atoms.o usage.o hescut.o: hessian.o: atoms.o couple.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o usage.o vdw.o vdwpot.o hessn.o: hessrgd.o: atoms.o group.o rigid.o hessrot.o: math.o omega.o zcoord.o hpmf.o: hybrid.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o charge.o couple.o dipole.o imptor.o inform.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o kchrge.o kdipol.o kitors.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o kvdws.o math.o mutant.o strbnd.o strtor.o tors.o vdw.o vdwpot.o ielscf.o: image.o: boxes.o cell.o math.o impose.o: align.o inform.o iounit.o improp.o: imptor.o: induce.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o chgpen.o couple.o ewald.o expol.o extfld.o gkstuf.o group.o ielscf.o inform.o iounit.o limits.o math.o mplpot.o mpole.o neigh.o openmp.o pbstuf.o pme.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o shunt.o solpot.o solute.o tarray.o units.o uprior.o inertia.o: atomid.o atoms.o iounit.o math.o inform.o: initatom.o: ptable.o initial.o: align.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o cell.o fft.o files.o group.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o molcul.o mutant.o neigh.o openmp.o output.o params.o pdb.o rigid.o scales.o sequen.o socket.o virial.o warp.o zclose.o initprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o ielscf.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o mplpot.o polpot.o reppot.o rxnpot.o sizes.o solpot.o solute.o torpot.o units.o uprior.o urypot.o vdwpot.o initres.o: resdue.o initrot.o: atoms.o couple.o group.o inform.o iounit.o math.o omega.o potent.o restrn.o rotbnd.o usage.o zcoord.o insert.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o intedit.o: atomid.o atoms.o files.o iounit.o katoms.o zcoord.o inter.o: intxyz.o: files.o iounit.o titles.o invbeta.o: invert.o: iounit.o iounit.o: jacobi.o: iounit.o kanang.o: kangang.o: angang.o angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kanang.o keys.o potent.o tors.o kangle.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kangs.o keys.o merck.o potent.o ring.o usage.o kangs.o: kangtor.o: angtor.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o kantor.o keys.o potent.o tors.o kantor.o: katom.o: atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o katoms.o: kbond.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kbonds.o keys.o merck.o potent.o tors.o usage.o kbonds.o: kcflux.o: kcharge.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpot.o couple.o fields.o inform.o iounit.o kchrge.o keys.o merck.o potent.o kchgflx.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o couple.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o kcflux.o keys.o potent.o sizes.o usage.o kchgtrn.o: atomid.o atoms.o chgpen.o chgtrn.o expol.o inform.o iounit.o kctrn.o keys.o mplpot.o mpole.o polar.o polpot.o potent.o sizes.o kchrge.o: kcpen.o: kctrn.o: kdipol.o: kdipole.o: atmlst.o atoms.o bndstr.o couple.o dipole.o inform.o iounit.o kdipol.o keys.o potent.o kdisp.o: atomid.o atoms.o disp.o dsppot.o inform.o iounit.o kdsp.o keys.o limits.o potent.o sizes.o kdsp.o: kewald.o: atoms.o bound.o boxes.o chunks.o ewald.o fft.o inform.o iounit.o keys.o limits.o openmp.o pme.o potent.o kexpl.o: kexpol.o: atomid.o atoms.o expol.o inform.o iounit.o kexpl.o keys.o sizes.o kextra.o: keys.o: kgeom.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o group.o iounit.o keys.o molcul.o potent.o restrn.o khbond.o: kimprop.o: atomid.o atoms.o couple.o improp.o inform.o iounit.o keys.o kiprop.o potent.o tors.o kimptor.o: atomid.o atoms.o couple.o imptor.o inform.o iounit.o keys.o kitors.o math.o potent.o tors.o kinetic.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o kiprop.o: kitors.o: kmetal.o: kmpole.o: atomid.o atoms.o chgpen.o couple.o inform.o iounit.o kcpen.o keys.o kmulti.o math.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o potent.o units.o kmulti.o: kopbend.o: angbnd.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kopbnd.o merck.o opbend.o potent.o usage.o kopbnd.o: kopdist.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kopdst.o opdist.o potent.o kopdst.o: korbit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o inform.o iounit.o keys.o korbs.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o korbs.o: kpitor.o: kpitors.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o keys.o kpitor.o pitors.o potent.o tors.o kpolar.o: atoms.o chgpen.o couple.o expol.o inform.o iounit.o keys.o kpolpr.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polopt.o polpcg.o polpot.o poltcg.o potent.o kpolpr.o: kpolr.o: krepel.o: atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o krepl.o mpole.o potent.o repel.o reppot.o sizes.o krepl.o: ksolut.o: ksolv.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bath.o bndstr.o chgpot.o couple.o gkstuf.o hpmf.o inform.o iounit.o keys.o ksolut.o kvdws.o math.o nonpol.o pbstuf.o polar.o polopt.o polpot.o potent.o ptable.o sizes.o solpot.o solute.o vdw.o kstbnd.o: kstrbnd.o: angbnd.o angpot.o atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o kstbnd.o merck.o potent.o ring.o strbnd.o kstrtor.o: atmlst.o atomid.o atoms.o couple.o inform.o iounit.o keys.o ksttor.o potent.o strtor.o tors.o ksttor.o: ktors.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o merck.o potent.o ring.o tors.o usage.o ktorsn.o: ktortor.o: atomid.o atoms.o bitor.o inform.o iounit.o keys.o ktrtor.o potent.o tortor.o ktrtor.o: kurey.o: angbnd.o atomid.o atoms.o inform.o iounit.o keys.o kurybr.o potent.o urey.o kurybr.o: kvdw.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o inform.o iounit.o keys.o khbond.o kvdwpr.o kvdws.o math.o merck.o potent.o vdw.o vdwpot.o kvdwpr.o: kvdws.o: lattice.o: bound.o boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o lbfgs.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o light.o: lights.o: bound.o boxes.o cell.o iounit.o light.o limits.o: linmin.o: lusolve.o: iounit.o makeint.o: atoms.o couple.o inform.o iounit.o math.o sizes.o zclose.o zcoord.o makeref.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o refer.o titles.o makexyz.o: atoms.o zcoord.o math.o: maxwell.o: units.o mdinit.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o couple.o extfld.o files.o freeze.o group.o inform.o iounit.o keys.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o mpole.o output.o potent.o rgddyn.o rigid.o stodyn.o units.o usage.o mdrest.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o units.o mdsave.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o deriv.o files.o group.o inform.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o mpole.o output.o polar.o potent.o rgddyn.o socket.o titles.o units.o mdstat.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o limits.o mdstuf.o molcul.o units.o usage.o warp.o mdstuf.o: mechanic.o: inform.o iounit.o merck.o: sizes.o merge.o: atomid.o atoms.o couple.o iounit.o refer.o minima.o: minimize.o: atoms.o bound.o files.o freeze.o inform.o iounit.o scales.o usage.o minirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o minrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o mol2xyz.o: files.o iounit.o titles.o molcul.o: moldyn.o: molecule.o: atomid.o atoms.o couple.o molcul.o molxyz.o: files.o iounit.o titles.o moment.o: moments.o: atomid.o atoms.o bound.o charge.o dipole.o limits.o moment.o mpole.o polar.o potent.o rigid.o solpot.o units.o usage.o monte.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o omega.o output.o potent.o units.o usage.o zcoord.o mplpot.o: mpole.o: mrecip.o: mutant.o: mutate.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o cflux.o charge.o chgpen.o dipole.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o mplpot.o mpole.o mutant.o polar.o potent.o tors.o nblist.o: atoms.o bound.o boxes.o cell.o charge.o disp.o iounit.o light.o limits.o mpole.o neigh.o potent.o vdw.o neigh.o: newton.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o usage.o newtrot.o: files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o nextarg.o: argue.o nexttext.o: nonpol.o: nose.o: atomid.o atoms.o bath.o boxes.o freeze.o mdstuf.o moldyn.o units.o usage.o virial.o nspline.o: nucleic.o: atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o nucleo.o output.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o nucleo.o: sizes.o number.o: inform.o iounit.o numeral.o: numgrad.o: atoms.o ocvm.o: inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o potent.o scales.o omega.o: opbend.o: opdist.o: openend.o: openmp.o: optimize.o: atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o scales.o usage.o optinit.o: inform.o keys.o output.o potent.o optirot.o: files.o inform.o iounit.o math.o omega.o scales.o zcoord.o optrigid.o: files.o group.o inform.o iounit.o math.o output.o rigid.o optsave.o: atomid.o atoms.o bound.o deriv.o files.o group.o iounit.o math.o mpole.o omega.o output.o polar.o potent.o scales.o socket.o titles.o units.o usage.o zcoord.o orbital.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o keys.o piorbs.o potent.o tors.o orbits.o: orient.o: atomid.o atoms.o group.o math.o rigid.o orthog.o: output.o: overlap.o: units.o params.o: path.o: align.o atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o minima.o output.o paths.o paths.o: pbstuf.o: pdb.o: pdbxyz.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o katoms.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o phipsi.o: sizes.o picalc.o: atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o orbits.o piorbs.o pistuf.o tors.o units.o piorbs.o: pistuf.o: pitors.o: pme.o: pmestuf.o: atoms.o boxes.o charge.o chunks.o disp.o math.o mpole.o openmp.o pme.o potent.o pmpb.o: iounit.o polar.o: polarize.o: atoms.o inform.o iounit.o molcul.o mpole.o polar.o polopt.o polpcg.o polpot.o potent.o units.o poledit.o: atomid.o atoms.o bndstr.o chgpen.o couple.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o kpolr.o mplpot.o mpole.o polar.o polgrp.o polpot.o potent.o ptable.o ring.o sizes.o units.o polgrp.o: polopt.o: polpcg.o: polpot.o: poltcg.o: polymer.o: atoms.o bndstr.o bound.o boxes.o iounit.o keys.o potent.o: potential.o: atomid.o atoms.o charge.o chgpen.o chgpot.o dipole.o files.o inform.o iounit.o katoms.o keys.o math.o moment.o mplpot.o mpole.o neigh.o polar.o potent.o potfit.o ptable.o refer.o titles.o units.o potfit.o: sizes.o predict.o: atomid.o atoms.o ielscf.o keys.o polar.o uprior.o pressure.o: atomid.o atoms.o bath.o bound.o boxes.o group.o math.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o units.o usage.o virial.o prmedit.o: angpot.o bndpot.o iounit.o math.o params.o sizes.o urypot.o vdwpot.o prmkey.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o ctrpot.o dsppot.o expol.o extfld.o fields.o mplpot.o polpot.o potent.o reppot.o rxnpot.o torpot.o units.o urypot.o vdwpot.o promo.o: iounit.o protein.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o group.o inform.o iounit.o katoms.o math.o molcul.o output.o phipsi.o potent.o resdue.o restrn.o rigid.o sequen.o titles.o usage.o prtarc.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o output.o titles.o usage.o prtdcd.o: atoms.o bound.o boxes.o files.o titles.o prtdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o titles.o prterr.o: files.o output.o prtint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o titles.o zclose.o zcoord.o prtmol2.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o couple.o files.o iounit.o ptable.o ring.o titles.o tors.o prtpdb.o: bound.o boxes.o files.o pdb.o sequen.o titles.o prtprm.o: angpot.o bndpot.o chgpot.o fields.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o mplpot.o polpot.o sizes.o urypot.o vdwpot.o prtseq.o: files.o sequen.o prtxyz.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o files.o inform.o titles.o pss.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o math.o omega.o refer.o tree.o warp.o zcoord.o pssrigid.o: atoms.o files.o group.o inform.o iounit.o math.o minima.o molcul.o refer.o rigid.o sizes.o warp.o pssrot.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o refer.o warp.o zcoord.o ptable.o: qmstuf.o: qrsolve.o: quatfit.o: align.o radial.o: argue.o atomid.o atoms.o bound.o boxes.o files.o inform.o iounit.o limits.o math.o molcul.o potent.o random.o: inform.o iounit.o keys.o math.o rattle.o: atomid.o atoms.o freeze.o group.o inform.o iounit.o moldyn.o units.o usage.o virial.o readcart.o: output.o readdcd.o: atoms.o bound.o boxes.o files.o inform.o iounit.o math.o titles.o readdyn.o: atoms.o boxes.o files.o group.o iounit.o mdstuf.o moldyn.o rgddyn.o readgau.o: ascii.o iounit.o qmstuf.o units.o readgdma.o: atomid.o atoms.o dma.o files.o iounit.o mpole.o units.o readint.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o titles.o zclose.o zcoord.o readmol.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o readmol2.o: atomid.o atoms.o couple.o files.o iounit.o ptable.o titles.o readpdb.o: files.o inform.o iounit.o pdb.o resdue.o sequen.o titles.o readprm.o: fields.o iounit.o kanang.o kangs.o kantor.o katoms.o kbonds.o kcflux.o kchrge.o kcpen.o kctrn.o kdipol.o kdsp.o kexpl.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kpolr.o krepl.o ksolut.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o kvdws.o merck.o params.o solute.o readseq.o: files.o iounit.o resdue.o sequen.o readxyz.o: atomid.o atoms.o boxes.o couple.o files.o inform.o iounit.o titles.o refer.o: sizes.o repel.o: replica.o: bound.o boxes.o cell.o inform.o iounit.o math.o reppot.o: resdue.o: respa.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o limits.o mdstuf.o moldyn.o polar.o potent.o units.o usage.o virial.o restrn.o: rgddyn.o: rgdstep.o: atomid.o atoms.o bound.o group.o iounit.o rgddyn.o units.o virial.o rigid.o: ring.o: rings.o: angbnd.o atoms.o bitor.o bndstr.o couple.o inform.o iounit.o ring.o tors.o rmsfit.o: align.o rotbnd.o: rotlist.o: atoms.o couple.o iounit.o molcul.o rotbnd.o zclose.o rotpole.o: atoms.o math.o mpole.o repel.o rxnfld.o: rxnpot.o: saddle.o: atoms.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o minima.o syntrn.o titles.o zcoord.o scales.o: scan.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o math.o minima.o omega.o output.o potent.o scales.o zcoord.o sdstep.o: atomid.o atoms.o bath.o couple.o freeze.o kvdws.o math.o moldyn.o stodyn.o units.o usage.o virial.o search.o: linmin.o math.o sequen.o: sizes.o server.o: setprm.o: atoms.o couple.o kangs.o kantor.o kbonds.o kcflux.o kdipol.o keys.o khbond.o kiprop.o kitors.o kmulti.o kopbnd.o kopdst.o korbs.o kpitor.o kpolpr.o kstbnd.o ksttor.o ktorsn.o ktrtor.o kurybr.o kvdwpr.o params.o restrn.o shakeup.o: angbnd.o atmlst.o atomid.o atoms.o bndstr.o bound.o couple.o freeze.o keys.o math.o molcul.o ring.o usage.o shunt.o: sigmoid.o: simplex.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o sizes.o: sktstuf.o: atomid.o atoms.o charge.o couple.o deriv.o fields.o files.o inform.o iounit.o keys.o moldyn.o mpole.o polar.o potent.o socket.o sniffer.o: atoms.o files.o inform.o iounit.o linmin.o math.o minima.o output.o scales.o usage.o socket.o: solpot.o: solute.o: sort.o: spacefill.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o kvdws.o math.o ptable.o usage.o spectrum.o: files.o iounit.o math.o units.o square.o: inform.o iounit.o keys.o minima.o stodyn.o: strbnd.o: strtor.o: suffix.o: ascii.o superpose.o: align.o atomid.o atoms.o bound.o files.o inform.o iounit.o titles.o surface.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o usage.o surfatom.o: atoms.o iounit.o math.o switch.o: limits.o nonpol.o shunt.o syntrn.o: tarray.o: tcgstuf.o: atoms.o iounit.o limits.o mpole.o polar.o poltcg.o potent.o temper.o: atomid.o atoms.o bath.o group.o ielscf.o mdstuf.o molcul.o moldyn.o rgddyn.o units.o usage.o testgrad.o: atoms.o deriv.o energi.o files.o inform.o inter.o iounit.o solute.o usage.o testhess.o: atoms.o files.o hescut.o inform.o iounit.o usage.o testpair.o: atoms.o deriv.o energi.o inform.o iounit.o light.o limits.o neigh.o polpot.o potent.o tarray.o vdwpot.o testpol.o: atoms.o bound.o inform.o iounit.o limits.o minima.o mpole.o polar.o polopt.o polpot.o poltcg.o potent.o rigid.o units.o usage.o testrot.o: domega.o energi.o inform.o iounit.o math.o omega.o zcoord.o testvir.o: atoms.o bath.o bound.o boxes.o inform.o iounit.o math.o units.o virial.o timer.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o limits.o polpot.o timerot.o: hescut.o inform.o iounit.o limits.o omega.o polpot.o titles.o: tncg.o: atoms.o hescut.o inform.o iounit.o keys.o linmin.o math.o minima.o output.o piorbs.o potent.o torphase.o: torpot.o: torque.o: atoms.o deriv.o mpole.o tors.o: torsfit.o: atomid.o atoms.o files.o inform.o iounit.o keys.o ktorsn.o math.o output.o potent.o qmstuf.o restrn.o scales.o tors.o usage.o torsions.o: atoms.o bndstr.o couple.o iounit.o tors.o tortor.o: tree.o: trimtext.o: unitcell.o: bound.o boxes.o keys.o math.o units.o: uprior.o: urey.o: urypot.o: usage.o: valence.o: angbnd.o angpot.o atomid.o atoms.o bndpot.o bndstr.o couple.o files.o hescut.o inform.o iounit.o kangs.o kbonds.o keys.o kopbnd.o kstbnd.o ktorsn.o kurybr.o kvdws.o linmin.o math.o minima.o opbend.o output.o potent.o qmstuf.o scales.o strbnd.o torpot.o tors.o units.o urey.o urypot.o usage.o valfit.o vdwpot.o valfit.o: vdw.o: vdwpot.o: verlet.o: atomid.o atoms.o freeze.o ielscf.o moldyn.o polar.o units.o usage.o version.o: iounit.o output.o vibbig.o: atomid.o atoms.o bound.o couple.o files.o hescut.o hessn.o inform.o iounit.o keys.o limits.o mpole.o potent.o rigid.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o vibs.o vibrate.o: atomid.o atoms.o files.o hescut.o iounit.o math.o units.o usage.o vibrot.o: iounit.o omega.o vibs.o: virial.o: volume.o: atoms.o iounit.o math.o sizes.o warp.o: xtalfit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o charge.o dipole.o energi.o files.o fracs.o inform.o iounit.o kvdws.o limits.o math.o molcul.o mpole.o polar.o potent.o sizes.o vdw.o vdwpot.o xtals.o xtalmin.o: atoms.o boxes.o files.o inform.o iounit.o keys.o math.o scales.o xtals.o: xyzatm.o: atoms.o inform.o iounit.o math.o xyzedit.o: atomid.o atoms.o bound.o boxes.o couple.o energi.o files.o inform.o iounit.o katoms.o limits.o linmin.o math.o minima.o molcul.o neigh.o output.o potent.o ptable.o refer.o repel.o scales.o titles.o units.o usage.o vdw.o vdwpot.o xyzint.o: files.o iounit.o titles.o xyzmol2.o: files.o iounit.o titles.o xyzpdb.o: atomid.o atoms.o couple.o fields.o files.o inform.o molcul.o pdb.o resdue.o sequen.o zatom.o: angbnd.o atomid.o atoms.o bndstr.o fields.o iounit.o kangs.o katoms.o kbonds.o sizes.o zclose.o zcoord.o zclose.o: sizes.o zcoord.o: sizes.o